Anatuhuiwa kwa kuwa kiongozi wa kundi la uhalifu linalojihusisha na utakatishaji fedha na ubadhirifu.
Rais huyo wa zamani pia anatuhumiwa kwa kupokea hongo, ikiwa ni pamoja na inayohusishwa na ujenzi wa kiwanda cha nyuklia cha Angra dos Reis katika jimbo la kusini mwa Rio de Janeiro.
Temer ni rais wa zamani wa tatu mfululizo nchini Brazil kukabiliwa na mashtaka ya uhalifu, baada ya Luiz Inacio Lula da Silva na mwanafunzi wake Dilma Rousseff.
Uchunguzi huo wa ufisadi, ulioanza Mei 2014, umewanasa wanasiasa wengi wa Brazil pamoja na makampuni kadhaa makubwa, kama vile kampuni kubwa ya ujenzi ya Odebrecht na hasa kampuni ya mafuta ya Brazil inayomilikiwa kwa sehemu na serikali ya Petrobas.
Michel Temer alichukua madaraka Agosti 2016, baada ya mtangulizi wake Dilma Rousseff kuvuliwa madaraka.